Hola,
Si no necesitas los históricos de la infraestructura actual así como la configuración de HA, el procedimiento que indicas es correcto. Si por el contrario requieres mantener los dos aspectos anteriores, tendrás que trabajar con la actualización de vCenter desde 4.1 a 5.1
Cuando vayas a crear el nuevo cluster, tendrás como bien comentas que configurar EVC al nivel del hardware con 4.1. Una vez terminada la migración, podrás eliminar EVC.
Respecto a VMFS, es mejor si dispones de almacenamiento suficiente, que vayas dejando los datastores sin VM's y los recrees, para así contar con todas las funcionalidades de VMFS5.
Respecto a la conectividad FC no tendrás problemas. Cuidado con la actualización que quieres hacer en el punto 0, comprueba que el hardware con vSphere 4.1 soporte los firmwares que pondrás.
Tendrás que configurar EVC sí o sí, sino no podrás migrar las VM's al nuevo hardware. Necesitas dentro del cluster al menos un host con vSphere 4.1
Podrás volver atrás si ocurre algo.
Los productos como vShield es sólo para solución de backup sin agente y la de monitorización es algo básico. Lo tienes incluido en tu licenciamiento de vSphere 5.1
Se puede considerar segura, pero recuerda siempre antes tener un backup de tu información.
Un saludo.